Gıda mühendisliği doktora programı örgün eğitim vermektedir. Programı tamamlamak için azami süre on iki yarıyıldır. En az dört yarıyılı tez süresi olmak üzere bir doktora programı daha erken tamamlanabilir. Doktora programı, 90 AKTS krediden az olmamak koşuluyla zorunlu ve seçimlik dersler, seminer çalışması ve tez çalışmasından oluşur. Bir öğrenci bir yarıyılda en çok 36 AKTS kredilik derse yazılabilir. Doktora programına gıda mühendisliği, süt ürünleri teknolojisi, besin hijyeni, beslenme ve diyetetik, genetik ve biyomühendislik bölümlerinden mezun öğrenciler başvurabilir. Program kapsamında 15 tane seçmeli ders bulunmakta iken zorunlu ders yer almamaktadır. Ders aşamasının tamamlanmasıyla danışman öğretim üyesinin nezaretinde belirlenecek bir konuda yapılan tez çalışması teslim edilmelidir. Tezi kabul edilen öğrencinin, çalışmasını atanacak jüri önünde başarılı bir şekilde sunması istenmektedir. Mezunlar gıda sanayinin AR-GE, üretim, kalite güvence, pazarlama, ithalat ve ihracat alanlarında mühendis ve yönetici olarak görev yapmaktadır. Programı başarılı bir şekilde tamamlayan öğrenci Gıda Mühendisliği bilim alanındaki akademik kadrolarda çalışmalarına devam edebilir.