Bilgisayar & Bilişim Mühendisliği lisansüstü programları, bilgisayar ve bilişim bilimleri ile siber güvenlik alanında yetkin ve başarılı bir araştırmacı olmayı sağlar. Kabul edilen öğrenciler alandaki çok değişik konulardan birinde uzman olma şansını yakalarlar. Program, Bilgisayar ve Bilişim bilimleri alanında geleceği şekillendiren araştırmacılardan biri olmak isteyen herkes için yüksek lisans eğitimi sunar. Yüksek lisans öğrencileri alanlarında uzman olan danışmalarının çalıştığı birçok araştırma konusu üzerine odaklanırlar. Bazı ana çalışma alanları: Yazılım Mühendisliği,  Sanal Gerçeklik, Bilgisayar Ağları, Sistem Güvenilirliği olarak sıralanabilir. Bilgisayar & Bilişim Mühendisliği alanında yüksek lisans derecesi almak için, Bilgisayar & Bilişim Mühendisliği alanından iki yarıyıl içinde 8 tek-dönemli seçmeli derslerin alınması ve başarılması gerekir. Tezli yüksek lisans programında bir tez çalışmasının hazırlanması ve sözlü savunma sınavından geçilmesi gerekir. Programda, her öğrenci danışmanı yönetiminde özgün bir konu üzerinde tez çalışması planlar ve gerçekleştirir. Öğrenciler programda ilk kayıt oldukları andan itibaren iki yıl içinde yüksek lisans tezini tamamlamak zorundadır.