Bilgisayar & Bilişim Mühendisliği Doktora programı, bilgisayar ve bilişim bilimleri ile siber güvenlik alanında yetkin ve başarılı bir araştırmacı olmayı sağlar. Kabul edilen öğrenciler alandaki çok değişik konulardan birinde uzman olma şansını yakalarlar. Program, Bilgisayar ve Bilişim bilimleri alanında geleceği şekillendiren  araştırmacılardan biri olmak isteyen herkes için Doktora eğitimi sunar. Doktora öğrencileri alanlarında uzman olan danışmalarının çalıştığı birçok araştırma konusu üzerine odaklanırlar. Bazı ana çalışma alanları: Yazılım Mühendisliği,  Sanal Gerçeklik, Bilgisayar Ağları, Sistem Güvenilirliği olarak sıralanabilir. Bilgisayar Mühendisliği, Yazılım mühendisliği, Elektrik ve Elektronik Mühendisliği (sınırlı sayıda) yüksek lisans derecesine sahip olan öğrenciler, Bilgisayar & Bilişim Mühendisliği doktora programına kabul edilir. Doktora çalışmaları, danışmanaracılığın rehberliğinde seçilen dersler, doktora yeterlilik sınavının başarılması ve ardından özgün bir doktora tezinin yazılması ile sonuçlanır. Doktora için en az 8 kayıt dönemi gereklidir. Bilgisayar & Bilişim Mühendisliği alanında doktora derecesi için iki yarıyıl içinde 60 AKTS kredili seçmeli derslere kayıt olunması ve başarılması gerekir. İkinci yıl, öğrencilerin, sözel olarak alandaki temel bilgiler üzerine uzmanlıklarını ve bu temel bilgileri bir araştırma konusuna uyarlama yeteneklerini gösterebilecekleri sözel bir yeterlilik sınavından başarılı olması istenir.. Doktora adaylarının çalıştıkları araştırma alanı ile ilgili en az bir seminer vermesi gerekir. Doktora derecesini tamamlamak, yüksek lisans derecesini aldıktan sonra genellikle 4-5 yıl sürer