Sakarya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 11.07.1993 tarih ve 387 Sayılı Kanun ile kurulmuştur. Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği ile Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Enstitüleri Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliğine göre; 1993 yılında 8 Enstitü Anabilim Dalında lisansüstü eğitime başlamıştır.
2017-2018 öğretim yılı itibariyle 31 Anabilim Dalında tez olmakla birlikte,Tezli Yüksek Lisanstan mezun olan öğrenci sayımız 2254 , Tezsiz Yüksek Lisanstan mezun öğrenci sayımız 1677 ve Doktoradan mezun öğrenci sayımız 560'dır.
