Gıda mühendisliği yüksek lisans programı tezli olup örgün eğitim vermektedir. Programı tamamlamak için azami süre altı yarıyıldır. Ancak öğrenci; ilk iki yarıyılda AKTS kredisini tamamlamak, bir yarıyılını tez çalışmasında geçirmek kaydıyla üç yarıyılda mezun olabilir. Tezli yüksek lisans programı, 90 AKTS krediden az olmamak koşuluyla zorunlu ve seçimlik dersler, seminer çalışması ve tez çalışmasından oluşu. Bir öğrenci bir yarıyılda en çok 36 AKTS kredilik derse yazılabilir. Programa gıda mühendisliği, süt ürünleri teknolojisi, besin hijyeni, beslenme ve diyetetik, genetik ve biyomühendislik, kimya mühendisliği, su ürünleri ve ziraat fakültesinden (bahçe bitkileri ve zootekni) mezun öğrenciler başvurabilir. Program kapsamında verilen 21 tane seçmeli ders bulunmakta iken zorunlu ders yer almamaktadır. Ders aşamasının tamamlanmasıyla danışman öğretim üyesinin belirleyeceği bir konuda yapılan tez çalışması teslim edilmelidir. Tezi kabul edilen öğrencinin, çalışmasını atanacak jüri önünde sunması istenmektedir. Mezunlar gıda sanayinin AR-GE, üretim, kalite güvence, pazarlama, ithalat ve ihracat alanlarında mühendis ve yönetici olarak görev yapmaktadır.